軽量化を目的としてCLE形電磁自動空気ブレーキ装置を採用、運転台のSE16Aブレーキ弁は横軸回転とし、16CLE電磁自動空気ブレーキ装置が採用された。機関ブレーキが併設され、マスコンを切り位置にして左側に倒すと機関ブレーキが作動する。速度40km/h以下では機関ブレーキは解放される。また、軽量化のためにエンジン直結の水冷式空気圧縮機（CW750)を採用(ナブコ技報Vol.76)

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ブレーキ制御装置はC16Bブレーキ制御装置でアルミ製の三圧式CA制御弁が使用された。
機関ブレーキとは、自動車のエンジンブレーキと同じで燃料噴射ポンプを制御するマスコンハンドルが中立（アイドリング）で、ブレーキハンドルが常用減速域にある場合、変速機がつながってエンジンブレーキがかかる。